Chất lượng của chakra có thể biến đổi tùy theo thứ được gọi là vận động tự nhiên–性質変化|seishitsu henka. Có sáu loại vận động tự nhiên. Năm loại cơ bản (được biết nhiều với tên "yếu tố"), và vận động tự nhiên Âm Dương. Vẫn chưa rõ về loại sau.

Năm loại vận động tự nhiên cơ bản là Địa, Thủy, Hỏa, Phong và Lôi. Mỗi một yếu tố lại mạnh hơnếu tố kế bên, nhưng yếu hơn yếu tố ở trước, theo chiều từ Lôi trở về Địa. Ví dụ, một đòn tấn công bằng sét rất hiệu nghiệm khi chống lại đòn phòng thủ bằng đất, nhưng dễ dàng bị chống trả bằng gió. Hơn nữa, tố thuật có thể bị chống trả bằng một thuật cùng loại yếu tố, nếu thuật đó có sức mạnh bằng hoặc kém hơn.

Về cơ bản, mọi người đều có một sự thân thuộc về tự nhiên với một trong những yếu tố này. Những người có sự thân thuộc với Địa sẽ dễ dàng học thuật Thổ Độn–土遁|Doton hơn bất kỳ thuật nào khác. Và tương tự với Thủy (Thủy Độn–水遁|Suiton), Hỏa (Hỏa Độn–火遁|Katon), Phong (Phong Độn–風遁|Fūton), và Lôi (Lôi Độn–雷遁|Raiton). Dù sao, có sự thân thuộc với một trong các yếu tố không có nghĩa là không thể học những tố thuật khác. Hầu hết ninja thượng đẳng đều có thể sử dụng 2 tố thuật, trong khi Hatake Kakashi thậm chí đã sử dụng nhiều hơn vậy.

Ninja với một Huyết kế Giới hạn–血継限界|Kekkai Genkai nhất định có khả năng kết hợp 2 yếu tố với nhau để tạo ra yếu tố mới. Ví dụ như thuật Băng Độn (Hyōton) của Haku, kết hợp Thủy và Phong thành Băng, và thuật Mộc Độn (Mokuton) của Hokage Đệ Nhất và Yamato, kết hợp Địa và Thủy thành Mộc. Trong khi một vài ninja không có Huyết kế Giới hạn lại có thể dùng nhiều thuật, họ không thể làm cùng một lúc.